Współpraca z Prezesem UODO jest szczególnie istotna na etapie postępowania kontrolnego i postępowania w sprawie naruszenia przepisów o ochronie danych prowadzonego przez Prezesa UODO. Administrator musi wówczas m.in. umożliwiać przeprowadzanie czynności kontrolnych, ale też przedstawiać wyjaśnienia i dokumenty na żądanie UODO. Zaniechania w tym zakresie mogą zakończyć się karą, o czym przekonał się już niejeden administrator.