Wykreślenie zbioru danych z rejestru GIODO zostało wprowadzone w maju 2004 roku. Wcześniej zgłoszone zbiory danych pozostawały w rejestrze także, gdy ADO już ich nie przetwarzał. Nie ma obowiązku wykreślania zbiorów z rejestru. Jednak ADO powinien we własnym interesie zadbać, aby w rejestrze nie widniały informacje na temat zbiorów, których już nie posiada.